Bojan az FC Barcelona Juvenil B csapatában kezdte a pályafutását, majd évről évre lépett feljebb a különböző utánpótlás kategóriákban. 1999-től-2005-ig a Barça különböző fiókcsapataiban 961 gólt szerzett, ami abszolút rekord a klub történetében. Már ekkor sokan meglátták elképesztő tehetségét. A 2006-2007-es szezont a B csapatnál töltötte, és ebben az évben kötötte meg első profi szerződését is a klubbal. A katalán együttes nagyon ügyelt arra, hogy az ifjú Bojant nehogy időben elhalássza egy másik klub, mint történt néhány éve Cesc Fabregassal, ehhez ugyanakkor kellett Bojan elhivatottsága is a maradásra. Első mérkőzését a felnőtt csapatban 2007. április 24-én játszotta az Al-Ahly elleni barátságos meccsen, ahol mindjárt be is talált az ellenfél kapujába. Krkics ezután a csapat többi nyári túráján is részt vett, ahol még más csapatoknak ellen is szerzett gólokat.

A 2007-2008-as szezonban mindjárt a második fordulóban lehetőséget kapott Frank Rijkaard edzőtől. Az Osasuna ellen a csapat 0-0-ra állt, amikor a mester beküldte a fiatal játékost, és ugyan az eredmény maradt döntetlen, de Bojan egy rendkívül szép cselt csinált Ricardo kapus ellen, ami alighanem a nap jelenete volt egy igen szürke mérkőzésen. Három nappal később már a Bajnokok Ligájában is bemutatkozhatott, akkor a Lyon ellen kapott 5 percet, ezzel egy újabb rekordot állított fel, hiszen ő lett a legfiatalabb játékos a Barcelona történelmében, aki pályára lépett ebben a rangos kupasorozatban.